La cause des aphtes est encore largement méconnue. Les aphtes sont le symptôme d'une ou de plusieurs pathologies que l'on ignore à ce jour. Les causes des aphtes sont donc inconnues mais en revanche on en connait un certain nombres de facteurs déclenchant qui varient suivant les individus :
- Les traumatismes buccaux et l'hygiène buccale
- Le stress
- Certains aliments
- De faibles défenses immunitaires
- Arrêter de fumer
- Le cycle menstruel
- Une allergie à certains médicaments
- Certaines maladies comme la maladie de Crohn ou la maladie de Behçet
- Certaines maladies immuno-déficientes (sida)
- Les chimiothérapies en cas de cancer