Aucun lien de cause à effet n'a été établi entre le fait de fumer et la survenue des aphtes. Cependant, des études scientifiques ont montré l'apparition d'aphtes, voire d'aphtoses récidivantes dans les mois ou années suivant l'arrêt du tabac. Le stress et les désagréments causés par ces aphtes pourraient être à l'origine de la rechute de certains fumeurs.