A ce jour il n'existe pas de test permettant de diagnostiquer si une ulcération de la bouche est bien un aphte. Pour les personnes souffrant d'aphtoses récurrentes, d'ulcérations très marquées ou persistantes, le diagnostic par un praticien est essentiel afin d'écarter d'autres pathologies :
Il est de plus conseillé à toutes les personnes ayant une ulcération buccale persistant plus d'un mois de consulter un praticien.
Le diagnostic de l'aphtose est défini par le caractère récidivant (au moins deux fois par an) d'aphtes multiples évoluant par poussées de 3 à 10 jours. La fréquence et l'importance des poussées peuvent nécessiter un traitement préventif en raison du retentissement de l'aphtose sur la vie quotidienne du patient (difficultés d'alimentation et d'élocution, douleur, facteur de stress, effet sur la qualité du sommeil, retentissements sur la vie privée et professionnelle).