A ce jour, les causes des aphtes sont méconnues. Les aphtes sont un symptôme mais on ignore s'ils sont tous causés par la même pathologie5.
Il y a vraisemblablement des facteurs génétiques à l'origine des aphtes: une personne a 90% de chances d'avoir des aphtes si ses deux parents en ont, alors qu'elle n'a que 20% si aucun de ses parents ne sont touchés6.
On sait que les aphtes n'ont pas de liens de causalité avec l'herpès mais le diagnostic entre les deux pathologies n'est pas toujours aisé à réaliser5.
L'aphte n'est pas contagieux. Il n'est a priori pas d'origine microbienne. Pendant un certain temps, on a cru que les ulcérations aphteuses étaient causées par des streptocoques de forme L puisque cet organisme était souvent isolé dans les lésions. On sait maintenant que les lésions sont plutôt surinfectées par les streptocoques5.
Un certain nombre de facteurs déclencheurs ont été mis en évidence, parmi lesquels :
La survenance de stomatites aphteuses est fréquente chez les malades du sida et les personnes sous chimiothérapie.